1、临床特征：根据患者的年龄、体征和有无病史来初步诊断，并且对囊肿是良性还是恶性进行评估，如果遇到困难，就要进一步进行辅助的检查。
2、确诊检查
（1）腹腔镜检查
腹腔镜检查可以直接看到肿物的大体情况，可观察整个盆腹腔，在可疑部位进行多点活检并吸收腹液进行细胞学检查，可用于确诊，同时能能用于术后监护。但是它不能用于巨大肿块或粘连性肿块的患者，也无法观察到腹膜后淋巴结。
（2）B超
B超检查是最简单而且最有效的，如果是良性的囊肿，则声像表现为单侧，囊性；如果是恶性的，则声像表现为边界不清，多分隔，腹水等。但巧克力囊肿和附件脓肿声像图容易混淆。
（3）放射检查
放射诊断包括腹部平片、静脉肾盂造影、淋巴造影等检查项目。它可以准确鉴别出囊肿的良、恶性，诊断是否发生了盆腔肿块合并肠梗阻，并且能够显示患者的肝、肺和腹膜后淋巴结转移的情况。
（4）细胞学检查
该项检查有穹窿穿刺和抽吸腹水两种，细胞学检查在进行腹腔镜或者剖腹检查的同时，在子宫的直肠陷凹处吸液检查，对是否是恶性肿瘤的诊断有非常高的准确率。如果怀疑患者的囊肿可能发生了恶性变化就有必要进行这项。
许多患者认为只有囊肿大到一定的范围才需要进行手术切除，但其实除了考虑囊肿的大小外，还要综合考虑患者的其他情况，如囊肿有是否出现破裂、患者是否发生感染或出现较为严重的症状。
卵巢囊肿多大需要手术?一般为5厘米。一般小于5cm的囊肿一般认为是生理性囊肿，不需要进行手术治疗，只需每隔3个月复查B超随访就可以了。生理性囊肿大部分会自行缩小或消失，但也可能在另一侧卵巢或同侧卵巢再长出来。直径大于5cm的囊肿，主要考虑到是可能会发生破裂、感染、扭转等并发症，所以建议手术治疗。