1、采用西药治疗。含水杨酸的药物具有较好的治疗效果。另外还可外用药物，如维a酸软膏、咪喹莫特软膏等治疗。
2、口服中药。常用药物中成药五妙水仙膏或中药汤剂有马齿苋、大青叶、败酱草、紫草、薏苡仁、桑叶、杭菊花等。每日煮粥时，加入薏苡仁30克同煮，坚持1—3月，扁平疣可自行脱落。
3、激光治疗。西医治疗扁平疣主要注射转移因子等激素来提高人体免役功能。由于这一种间接性治疗不是直接能杀灭扁平疣病毒，所以治愈率也很低。
4、采用激光铲除的方法。由于扁平疣病毒是在表皮下面，激光只能铲除表面扁平疣颗粒，而皮下病毒没有铲除，所以不可能起到根本的治疗作用，即使当时铲除了，往往过了几个月扁平疣还会重新发出来。