1、食用人群禁忌
玛卡有食用禁忌人群，一般来说更适合成年人食用，而未成年人以及孕妇、哺乳期的妇女则最好不要食用。
科研人员认为，1-3岁的婴幼儿不适合食用玛卡，这是因为婴幼儿最好食用母乳，玛卡婴幼儿难以消化和吸收；哺乳期妇女、孕妇不适合吃玛卡，玛卡可能会对孩子产生影响，虽然目前这种影响没有临床验证，但是哺乳期妇女、孕妇最好不要食用玛卡。
甲状腺患者不适宜吃玛卡，这是因为玛卡中有一种叫硫代葡萄糖甙的化合物，由于饮食中或多或少都有一些碘摄入，而硫代葡萄糖甙结合碘可能会导致甲状腺肿胀，这对甲状腺疾病患者会产生一系列影响。
2、食用搭配禁忌
吃玛卡时最好不要与其他滋补品、营养品同时食用。这是因为玛卡已经是非常滋补的食物了。如果在吃玛卡的时候吃其他滋补品、营养品可能会抵消玛卡的作用，而且玛卡中独有生物碱玛卡烯和玛卡酰胺可以通过脑下垂体调节人体激素分泌，而现在的好多食品中含有激素，这不利于玛卡功效的发挥。
吃玛卡的禁忌之最好不要和具有壮阳功效的产品同时食用。营养师指出，每一种壮阳保健品都会有它独特的功效，玛卡也是如此。
一般来说，因为玛卡是药食两用的食物，个别在治疗期或者身体状况特殊的人食用玛卡时要咨询医生。