产后宫颈上皮内瘤变的原因有多种，其中包括病毒的感染、吸烟、微生物感染等，具体的产后宫颈上皮内瘤变的原因有：
1、人类乳头状瘤病毒感染
近年来随着人类乳头状瘤病毒（HPV）感染与下生殖道关系研究的不断深入，发现HPV感染与子宫颈癌前病变的发生有着一定的关联。HPV感染作为一种特殊类型的性传播疾病，是子宫颈上皮内瘤样病变和宫颈癌发生的病因。分子生物学及流行病学研究表明人类乳头状瘤病毒有致癌性。HPV根据其致癌性不同可分为不同类型：HPV16，18，45，56为高危型，HPV31，33，35等11种为中危型，HPV6，11，26等8种为低危型。CINⅠ及亚临床HPV感染常为HPV6、11型，80%CINⅢ为HPV16型感染。
子宫颈重度不典型增生者，其细胞内染色体常伴有HPV基因的整合，从而启动E1、E2基因，导致病毒基因在宫颈上皮内的表达，其后E6、E7基因编码合成多功能蛋白从而干扰细胞生长，在16、18型高危HPV感染的患者中起着重要的致癌作用。高危型HPV的E6蛋白可与肿瘤抑制基因p53结合，导致p53降解，E7基因产物是一种核磷酸蛋白与肿瘤抑制基因（retinoblastoma基因PRb）产物结合导致其功能灭活，从而影响其抑制细胞生长的作用。
2、其他因素
（1）吸烟
吸烟与宫颈上皮内瘤样病变的发生有一定关系，其降解物尼古丁与致肺癌类似的刺激性，在宫颈上皮内瘤样病变的发生中起重要作用。
（2）微生物感染
淋球菌、单纯疱疹病毒（HSV）、滴虫感染可增加对HPV的易感性，从而与宫颈上皮内瘤样病变的发生有关。
（3）内源性与外源性免疫缺陷
免疫缺陷病毒的感染可致CIN的发生增加，如Hodgkin病、白血病、胶原性血管病与HPV感染性疾病发生有关。