由于每个医院的等级和地域的差别，肝功能检查在价格上存在着差异。而且，肝功能具体化验的项目的多少也是衡量实际费用的标准之一。肝功能检查化验的项目越多，收费也会相对增加。一般来说，纯化验肝功能（转氨酶）约40—100元，如果同时化验肝肾功能，则需要100元以上。如果需要加上乙肝病毒五项等化验项目，那么收费一般在200—500之间。
以湖北武汉南湖妇产中心为例，一次肝功能价格为60元。如果在检查肝功能的同时加上乙肝病毒五项等项目，以辽宁沈阳滑翔医大三院为例，大约需要400元。
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