肺炎是细菌、病毒等致病微生物侵入肺脏引起的炎症，引起肺炎的病因多种，多种病原体引起，如细茵、病毒、真茵、寄生虫等，其他如放射线、化学、过敏因素等亦能引起肺炎。其中以病原体引起的肺炎多见。
免疫防御机制如对吸入气体的过滤和湿化、会厌和咳嗽反射、支气管纤毛粘液排泄系统、体液和细胞免疫功能的作用，使气管、支气管和肺泡组织保持无菌状态。免疫功能受损（如受寒、饥饿、疲劳、醉酒、昏迷、毒气吸入、低氧血症、肺水肿、尿毒症、营养不良、病毒感染以及应用糖皮质激素、人工气道、鼻胃管等）或进入下呼吸道的病原菌毒力较强或数量较多时，则易发生肺炎。
1、细菌性肺炎：多种细菌均可引起肺炎，其中绝大多数为肺炎球菌，其中以Ⅲ型致病力最强。肺炎球菌为革兰阳性球菌，有荚膜，其致病力是由于高分子多糖体的荚膜对组织的侵袭作用。少数为肺炎杆菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、流感嗜血杆菌等。
2、病毒性肺炎：如腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、 麻疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等都是肺炎的发病原因。
3、支原体肺炎：由肺炎支气体引起。
4、真菌性肺炎：肺炎的发病原因如白色念珠菌、曲菌、放线菌等。
5、其他病原体所致肺炎：如立克次体（如Q热立克次体）、衣原体（如鹦鹉热衣原体）、弓形体（如鼠弓形体）、原虫（如卡氐肺孢子虫）、寄生虫（如肺包虫、肺吸虫、肺血吸虫）等。机体免疫力低下者（如艾滋病患者）容易伴发肺部卡氏肺包子虫、军团菌、鸟形分支杆菌、结核菌、弓形体等感染。