引起肾囊肿的原因有很多种，主要包括以下几类：
1、先天发育不良。先天发育不良可能会造成髓质海绵肾、发育不良性多囊肾病等疾病，但基因是没有出现异常的。
2、基因突变。基因遗传是可能会让下一代遗传感染到多囊肾病的，但也有可能父母双方并没有多囊肾病，但在妊娠过程中，胚胎发生基因突变，胎儿形成多囊肾病。
3、感染。常见的感染包括上呼吸道感染、尿路感染、肠胃感染、皮肤感染等都有可能会对囊肿的产生有大的影响，促进囊肿的生长。
4、毒素。常见的毒素如农药、污染、部分药物和化学药剂等，假如不慎使用不当，是有可能会对肾脏造成损害的。
另外，妊娠、劳逸失调、情绪问题、饮食因素等都有可能会影响肾囊肿的发生。