大部分肾囊肿患者在患病时并不会出现明显症状，只有在囊肿本身及囊内压力增高、或者是出现了感染后才会出现以下症状：
1、腹部或腰部出现疼痛或不适。这种疼痛一般是隐痛、钝痛，并且是固定在一侧或者双侧。如果病情严重，疼痛还可能会突然加剧或出现肾绞痛。
2、腹部出现肿块。大部分患者会触及肿大的肾脏，且肾脏越大，就表示肾功能越差。
3、出现血尿、蛋白尿。
4、出现高血压。假如囊肿压迫到肾脏，就会造成肾脏缺血，使肾素分泌增多，从而引起高血压。
5、肾功能减退。肾囊肿会因为其占位和压迫，导致正常肾组织减少，引起肾功能减退。