扁平苔藓的特征性症状是紫红色扁平丘疹、斑丘疹，其次还有以下的临床症状。
1、口腔黏膜病损可发生于口腔黏膜的任何部位，大多左右对称，87.5%的病损多发于颊部，患者多无自觉症状，常偶然发现。有些患者感到黏膜粗糙、木溲感、烧灼感，口干，偶有虫爬痒感。黏膜充血糜烂和遇辛辣、热、酸、咸味刺激时，局部第三灼痛。
2、病情可反复波动，可同时出现多样病损，并可相互重叠和相互转变。病损为白色小丘疹，一般为针头大，属角化病损，由白色丘疹组织的各种花纹，以白色条纹、白色斑块为主，有网状，树枝状、环状或半环状，黏膜可发生红斑、充血、糜烂、萎缩和水疱。
3、皮肤病损扁平丘疹微高出皮肤表面，粟粒至绿豆大，多角形，边界清楚。多为紫红色，可有色素减退、色素沉着或正常皮色。有的丘疹可见到白色小斑点或浅的网状白色条纹。病损发生于身体各部位，但四肢较躯干更多见，患者感瘙痒，皮肤上可见抓痕，溃疡性损害可有疼痛。
4、发生在头皮时，破坏毛囊可致秃发。皮损痊愈合可遗留褐色色素沉着，并可因色素减少成为略萎缩的淡白色斑点。
5、指(趾)甲病损甲部增厚或变薄，甲部扁平苔藓最多见于拇趾，甲板常有纵沟及变形。甲部损害一般无自觉症状，如有继发感染，可引起周围组织疼痛。
由于该病多好发于口腔黏膜，也可发生在皮肤、生殖器、指甲或趾甲，所以一般是这些部位出现明显的临床症状。