肝内胆管结石可以用组合手术以及术后的后续治疗相结合的方式进行治疗。
1、组合手术：肝胆管结石外科治疗的要求，很难用某一手术方式，在一次手术中彻底解决，必须采取多种手术方式组合起来，进行互补，以满足治疗的需要。例如位于左叶结石或左叶肝纤维化、肝组织萎缩，可行肝左叶或肝左外叶切除，如同时合并肝门胆管狭窄，行肝门胆管成形术，如胆管组织缺损，可以胆囊瓣或圆韧带修补，如缺损较大，还可以胃或空肠带血管蒂瓣修补，只要肝外胆管下端无狭窄，尽量以胆管成形术来保留肝外胆道及胆总管末端括约肌的功能。如为肝左，右叶广泛结石，且合并肝门胆管狭窄，可以自肝管切开，向上显露肝内1～2级肝管，解除胆管狭窄和取净肝内结石，现在用超声碎石镜直接进入肝内胆管进行碎石，因为有电视监视，可以到达3～4级胆管进行碎石。并且它是边碎边吸，大多数病例可在术中全部清除结石，加上术后胆道镜治疗，提高了肝内胆管结石的治疗效果。
如果肝外胆管狭窄已不能利用，或为再次手术患者，处理肝内结石及解除胆管狭窄以后，则宜行肝门胆管或肝内胆管空肠Roux-Y吻合术。重要一点是如肝内遗留病灶，特别是肝内胆管狭窄未予解除而在狭窄以下行胆-肠吻合术，则术后不但未解决胆汁通畅引流，而且会增加肠胆反流，发生胆道感染或严重胆管炎，或使结石复发，是临床上常见的再手术的原因。
2、后续治疗：即在手术中置入肝内或肝外胆管内导管，这种导管可以是单纯导管，也可以是气囊导管。导管置入的位置根据肝内外有无残留结石，有无胆管狭窄和导管的功能而定。有些肝内、外胆管狭窄或吻合口内的支撑导管，气囊导管，皆需要保留较长时间，一般6～12个月。对于需要长期置管病人，可用U形管，以减少胆汁的丢失。