针对皮脂腺囊肿，手术切除治疗是目前唯一的治疗方法，而针对皮脂腺囊肿引起的并发感染，则需要通过药物治疗来痊愈。
1、手术切除
一经确诊后，皮脂腺囊肿患者均应通过手术来将囊肿完整摘除。目前，手术是皮脂腺囊肿惟一的治疗方法。手术中，可在与囊肿相连的皮肤，尤其是见到导管开口的时候，沿着皮纹方向设计梭形的皮肤切口，连同囊肿一起摘除。进行分离的时候应特别小心，因为囊壁很薄，应当尽量完整地摘除。假如囊壁有残留，则很容易会引起复发。但假如在手术前，患者的皮脂腺有红肿、热痛等炎症表现，那么应该首先控制炎症，其后再安排手术。
手术切除时，可能会出现比较明显的瘢痕。假如瘢痕大了，患者可以选择整容的方式去除瘢痕。有条件的患者可以采用内镜手术的方式来摘除皮下囊肿，这种方式能避免出现手术切口瘢痕，是近年新发展的一种手术方法。
2、并发感染者
如果皮脂腺囊肿患者出现了并发感染，那么应先具有口服抗菌药（如增效联磺片、麦迪霉素等），以及采用热敷等抗炎治疗，待炎症消退后，再进行手术切除治疗，完全摘除皮脂腺囊肿。
3、预后
少数皮质囊肿可能会癌变，多数会转化为基底细胞癌，少数则会成为鳞癌。因此进行手术切除后，患者应定时前往医院复检，检查是否有残留。