根据不同的病原菌选用敏感的抗菌药物点眼。在未作细菌培养的情况下，原则上应选用广谱抗菌药物，选择兼顾革兰阳性菌和阴性菌的两种抗菌药物联合用药，效果更佳。对分泌物多的患者，给药前应清除分泌物，可用4%硼酸溶液或生理盐水冲洗结膜囊或蘸取上述溶液的消毒棉棒清洁眼部。有假膜者，可用生理盐水棉棒将其除去，然后再滴眼药水。早期治疗应频繁点眼，每15分钟1次，连续2h，然后改为每小时1次，连续24～48h，随后酌情减量，睡前涂抗菌药物眼膏，直至分泌物消失。对并发角膜炎者，应按角膜炎处理。目前临床较常用的抗菌药物包括：
1.喹诺酮类药物 包括诺氟沙星、氧氟沙星、环丙沙星、洛美沙星等，是广谱抗菌药物，对绝大多数革兰阴性菌包括铜绿假单胞菌都有很强的抗菌作用，对革兰阳性菌也有效。最近的研究发现，左旋氧氟沙星的敏感性更高、耐药菌株更少。此类药物毒性小，作用时间长，局部用药浓度通常是0.3%。
2.氨基糖苷类抗菌药物 目前最常用的是0.3%妥布霉素。由于耐药菌株的增加，庆大霉素已不作为首选用药。大量用药应注意药物毒副作用。
3.多肽类抗菌药物 常用药物为杆菌肽和多黏菌素B。杆菌肽主要用于革兰阳性菌及耐药金黄色葡萄球菌引起的炎症，滴眼浓度为100～500U/ml。多黏菌素B对绝大多数革兰阴性杆菌有高度的抗菌作用，滴眼浓度1～2.5mg/ml。
4.抗菌药物混合制剂 由两种或多种抗菌药物混合，兼顾革兰阳性菌和阴性菌，如Meospotin(新霉素+短杆菌肽+杆菌肽)、Polyfax(多黏菌素+杆菌肽)、Polytrim(多黏菌素+三甲氧苄氨嘧啶)。
5.抗菌药物眼膏 与眼药水相比，眼膏中的药物浓度高，作用时间长，由于涂抹后可能引起视物模糊，因而白天应用受到限制。睡前应用眼膏，可使药物在结膜囊内保留较长时间，以提供较长的药物作用时间。常用的眼膏有：0.5%四环素、0.5%红霉素、0.3%妥布霉素和0.3%氧氟沙星等。