目前，对囊肿的治疗方法，主要有三种：
一、是传统的开刀切囊肿的方法，也就是对囊肿开窗引流治疗或剥离治疗。这种方法，切口长，流血多、创伤重、花费多，而且易复发。
二、是腹腔镜下切囊肿，虽然只是打个孔，创伤也比开刀小得多，但还是要住院，费用也不算少。这是不得已而为之的办法。
三、这种办法是以针代刀，神奇而不是神话。这门技术用途比较广泛，如超声介入技术在遗传学领域的运用、可以在B超直视下取宫内胎儿脐带血、取羊水、取胚胎绒毛标本。大家知道胎儿脐带口径很小只有6—8mm，在超声引导下可以刺中，对几厘米和十几厘米大小的囊肿，可以使穿刺命中成功率达100%。自从这门技术问世后，许多患多囊肝、多囊肾等容易复发的遗传性囊肿疾病患者，都躲避了开刀剖腹之苦。
①传统的剖腹手术切囊肿或者开窗引流治疗和囊肿剥离治疗，最令人忧心忡忡的是复发率高，如多囊肾是一种遗传病，病根在基因位置上，固无法用开刀解决问题。所以复发率高达60%以上。
②又因为囊壁细胞的共同特点是排列一层层柱状细胞。这种柱状细胞生长旺盛，分泌功能极强，开刀很难铲除干净。只要留下一点点细胞，就会象种子一样发芽，囊肿就这么复发了。
③而超声介入治疗这门崭新的技术，就是弥补了传统开刀切囊肿的缺点。有经验的医生可在B超图像引导下，准确无误地瞄准囊肿目标。用细针刺入囊肿，吸掉囊内液体，注入囊壁硬化药物，破坏分泌旺盛的柱状细胞，从而达到阻止囊肿复发的目的。