其实，患上衣原体肺炎并无特异性临床表现，早期多为上感症状，咽痛、声音嘶哑，呼吸系统最多见的症状是咳嗽，1—2周后上感症状逐渐消退而咳嗽逐渐加重，并出现下呼吸道感染征象，如未经有效治疗，则咳嗽可持续1—2个月或更长，肺部偶闻及干、湿罗音或喘鸣音。具体症状如下：
半数以上有轻度腹泻、呕吐，严重者常有腹胀。腹泻可能与腺病毒在肠道内繁殖有关，但在一部分病例也可能由于病情重、发高热而影响了消化功能。
CT肺炎多见于1～4个月幼婴，起病较缓慢，一般先有上呼吸道感染症状，鼻塞、流涕，50%以上患儿鼓膜外观有异常，50%伴有眼结膜炎，多数无发热或仅低热，以后出现呼吸增快及明显咳嗽。体格检查可闻及两肺细湿啰音或喘鸣音。
Cpn肺炎起病缓慢，潜伏期约3周，病程长，一般症状较轻，常伴咽炎、喉炎及鼻窦炎，咳嗽多见且持续时间长，胸部听诊可闻及干湿啰音，时有重复再感染出现。