肺炎衣原体为新发现的一种衣原体，主要引起呼吸道和肺部感染。肺炎衣原体常在儿童和成人中产生上呼吸道和呼吸道感染。现仅知人是该衣原体宿主，感染方式可能为人与人之间通过呼吸道分泌物传播。5岁以下儿童极少受染，8岁以上儿童及青年易被感染，尤其是人群聚集处，如家庭、学校、兵营中易于流行。经血清流行病学调查，证实成人中至少有40%已受到该衣原体感染，大部分为亚临床型。老年人可再次受到感染。
衣原体(Chlamydia)是一类能通过细菌滤器，必须在活细胞内寄生的原核细胞型微生物，介于细菌和病毒之间。以细胞内寄生的衣原体为病原体，吸入打喷嚏时的飞沫即可感染本病。
这种疾病是发达国家最常见的性病之一，亦可引起非淋菌尿道炎或宫颈炎、盆腔炎。受感染的母亲垂直传染可致婴儿发生结膜炎或沙眼衣原体肺炎。国外报道6个月以下因下呼吸道感染住院婴儿1/4为CT感染，国内研究证实CT肺炎占婴儿肺炎的18.4%，成为婴儿肺炎的重要病原。
而肺炎衣原体(C.Pneumoniae.CPn)是1989年被正式命名的新衣原体种，人群中的感染非常普遍，可引起支气管炎和肺炎，现公认是5岁以上小儿及成人重要的肺炎病原之一，近年来也发现可引起5岁以下婴幼儿肺炎。