衣原体肺炎的治疗原则与一般肺炎的治疗原则大致相同。
1、 一般治疗
注意加强护理和休息，保持室内空气新鲜，并保持适当室温及湿度。保持呼吸道通畅，经常翻身更换体位。烦躁不安可加重缺氧，故可给适量的镇静药物。供给热量丰富并含有丰富维生素(维生素食品)、易于消化(消化食品)吸收的食物及充足水分。
2、 抗生素治疗
大球内酯类抗生素
红霉素：衣原体肺炎的抗生素应首选红霉素，用量为50mg/(kg?d)，分3～4次口服连用2周。重症或不能口服者，可静脉给药。眼泪中红霉素可达有效浓度，还可清除鼻咽部沙眼衣原体，可预防沙眼衣原体肺炎的发生。
罗红霉素或罗力得：用量为5～8mg/(kg?d)，分2次于早晚餐前服用，连用2周。如在第1疗程后仍有咳嗽和疲乏，可用第2疗程。
阿奇霉素（sumamed）：是一种氮环内脂类抗生素，结构与大环内脂类抗生素相似。口服吸收很好，最高血清浓度为0.4mg/L。能迅速分布于各组织和器官。对衣原体作用强。治疗结束后，药物可维持在治疗水平5～7d。t1/2为12～14h，每日口服1次，疗程短。以药物原型经胆汁排泄。与抗酸药物的给药时间至少间隔2h。尚未发现与茶碱类、口服抗凝血药、卡马西平、苯妥英钠、地高辛等有相互作用。儿童(儿童食品)（体重10kg以上）第一天每次10mg/kg，以后4d每天每次5mg/kg，1次顿服，其抗菌作用至少维持10天。
甲红霉素（clarithromycin）：在体外对肺炎衣原体内脂类药物治疗肺炎衣原体感染与红霉素同样有效。
3、 支持治疗
对病情较重、病程较长、体弱或营养不良者应输鲜血或血浆，或应用丙种球蛋白治疗，以提高机体抵抗力。
患者可在医生的指导下，根据自己的个人情况，来选择治疗方式。