胃食管反流物主要是胃酸、胃蛋白酶，尚可有十二指肠液、胆酸、胰液等，前者临床上多见，后者主要见于胃大部切除术后、胃肠吻合术后、食管肠吻合术后。GERD患者可仅有临床症状而无食管炎症表现，有食管炎症者其临床症状不一定与炎症程度呈平行关系。有生理性与病理性之分，病理性胃食管反流，轻者引起不适、呕吐，重者则可致食管炎及肺部吸入综合征，甚至窒息死亡。它的病因一般有：
1、抗反流屏障功能低下，les压力低下
les压力降低是引起胃食管反流的主要原因。在生理情况下，当有吞咽动作时les反射性松弛,压力下降，通过正常的食管蠕动推动食物进入胃内，然后又恢复到正常水平，并出现一个反应性的压力增高以防止食物反流；当胃内压和腹内压升高时，les会发生反应性主动收缩使其压力超过增高的胃内压，起到抗反流作用。如因某种因素使这种正常的功能发生紊乱时即可引起胃内容物反流人食管。les周围组织作用减弱如：缺少腹腔段食管，致使腹内压增高时不能传导腹内压至les使之收缩达到抗反流的作用；小婴儿食管角（由食管和胃贲门形成的夹角、his角）较大（正常为30°~50°）；横胳脚肌钳夹作用减弱；隔食管韧带和食管下端粘膜辩解剖结构发生器质性或功能性病变时等，均可破坏其正常的抗反流功能。
2、食管廓清能力降低
正常情况下，食管廓清能力是依靠食管的推动性蠕动、唾液的中和作用、食丸的重力和食管粘膜下分泌的碳酸氢盐等多种因素发挥其对反流物的清除作用以缩短反流物和食管粘膜的接触时间；当食管蠕动振幅减弱、或消失、或出现病理性蠕动时，食管通过蠕动清除反而物的能力即下降，同时也延长了反流的有害物质在食管内的停留时间，增加了对粘膜的损伤。
3、食管粘膜的屏障功能破坏
屏障作用是由粘液层、细胞内的缓冲液、细胞代谢及血液供应构成。反流物中的某些物质（主要是胃酸、胃蛋白酶、次为十二指肠反流入胃的胆盐和胰酶）使食管粘膜的屏障功能受损，粘膜抵抗力减弱，引起食管粘膜炎症。
4、胃、十二指肠功能失常
胃排空功能低下使胃内容物和压力增加，当胃内压增高超过les压力时可诱发les开放；胃容量增加又导致胃扩张，致使贲门食管段缩短，使抗反流屏障功能降低。十二指肠病变时，贲门括约肌关闭不全导致十二指肠胃反流。