有心瓣膜病或心血管畸形及人造瓣膜的患者应增强体质，注意卫生，及时清除感染病灶，在作牙科和上呼吸道手术或机械操作，低位胃肠道，胆囊，泌尿生殖道的手术或操作，以及涉及到感染性的其他外科手术，都应预防性应用抗生素。
在牙科和上呼吸道手术和机械操作时，一般术前半小时至1小时给予青霉素G100～120万u静脉滴注及普鲁卡因青霉素80万u肌注，必要时加用链霉素1g/d，术后再给予2～3天，作胃肠道，泌尿生殖系统手术或机械操作时，术前后可选用氨苄青霉素与庆大联合应用。
需预防感染性心内膜炎的基础心脏情况：①人工心脏瓣膜；②大多数先天性心脏病；③外科建立的体肺动脉分流；④风湿性心脏病或其他继发瓣膜疾患；⑤特发性肥厚性主动脉瓣下狭窄；⑥有感染性心内膜炎病史者；⑦二间瓣脱垂伴关闭不全;⑧心内有外界材料(补片、堵片等)。
不需预防的心脏情况：①单纯性房间隔缺损，因左右房压力差不大，很少并发感染性心内膜炎；②非补片的房间隔缺损修补术；③动脉导管未闭结扎术后。
预防措施：包括对某些类型的先天性心脏病适时给予手术纠治,并在一些非心脏手术(如拔牙、中心静脉插管)前,给予积极的抗生素预防性治疗。
严格执行消毒隔离制度,防止耐药交叉感染。尤其对高危患儿更应强调医护人员的无菌操作,提高医护质量，做好病房空气消毒，对静脉输液装置、雾化器及各种导管、插管等物品及时消毒与定期更换。