药物治疗：最关键的是选准抗生素，抗生素的选择要根据血培养的结果来定，有部分患者没有血培养结果，那就只能由医生根据自己的经验来制定治疗方案了。在抗生素的应用上要求足量、足疗程，只有这样，才能防止复发。对于部分自体瓣膜心内膜炎完全可以通过合适的抗生素治愈。若存在心内移植物者效果较差。
感染性心内膜炎首先是一种感染，而且，多数都是细菌感染，因此，治疗上第一位是抗生素治疗；另外，有些很厉害的感染可能抗生素治不了，或者感染造成心脏结构的损坏了，就得结合手术治疗。如果是体内有植入物的患者发生的感染性心内膜炎，那就得通过手术的方法将植入物取出或更换。
手术治疗
1、如果足量的抗菌素治疗无效，症状得不到缓解，病人仍发热，全身症状重。说明抗生素选择不合适，或者体内的病灶难以通过抗生素得到根除，这时可能需要通过外科手术的方法来治疗了。
2、如果体内有植入物时发生感染性心内膜炎时，手术态度要积极，因为这些情况下，药物治疗多效果要差一些。
3、由于心脏内部的炎症、感染，一些带有细菌的感染碎屑、脏东西不断从心脏上掉下来，随着血流到全身去，反复引起全身的缺血、栓塞等，如果超声看到心脏上的感染病灶很大时，也需要手术治疗。
4、感染引起严重的心脏损害，造成心脏瓣膜的关闭不全或者狭窄。也就是说，没有感染的话，损害的心脏也不能正常工作了，需要对损坏的心脏进行修理，这时候就得手术治疗。