目前流行性乙型脑炎还没有特效治疗方法，因此做好预防工作是很重要的。动物和人均可作为传染源，其中猪与马是重要的传染源，而流行性乙型脑炎主要通过蚊子（三带稀库蚊等）叮咬传播，台湾螺线也可传播本病，预防时应着重做好以下几点：
1、灭蚊
三带喙库蚊是一种野生蚊种，主要孳生于稻田和其它浅地面积水中。成蚊活动范围较广，在野外栖息，偏嗜畜血。因此，灭蚊时应根据三带喙库蚊的生态学特点采取相应的措施。如：结合农业生产，可采取稻田养鱼或洒药等措施，重点控制稻田蚊虫孽生；在畜圈内喷洒杀虫剂等。
2、注射疫苗
人群免疫目前国际上主要使用的乙脑疫苗有两种，即日本的鼠脑提纯灭活疫苗和中国的地鼠肾细胞灭活疫苗。
减毒活疫苗我国正在试用中，该疫苗系选用60年代SA14株经地鼠肾细胞连续传代，紫外线照射等措施后获得的三个减毒活疫苗株，远较国外的减毒株毒力低。而免疫原性好。
疫苗注射的对象主要为流行区6个月以上10岁以下的儿童。在流行前1个月开始，首次皮下注射，（6~12个月每次0.25ml，1~6岁每次0.5ml，7~15岁每次1ml，16岁以上每次2ml）间隔7~10天复种1次，以后每年加强注射一次。预防接种后2~3周体内产生保护性抗体，一般能维持4~6个月。
3、预后
病死率在10%左右，轻型和普通型患者大多恢复，暴发型和脑干型患者的病死率较高，多于极期因呼吸衰竭而残废死亡。