人的咽部有丰富的淋巴组织，聚集成团就称为扁桃体。其中最大的一对叫腭扁桃体，也就是人们通常所说的扁桃体。扁桃体的表面有10～20个隐窝，通到扁桃体的深部，平时这些隐窝里就藏有很多细菌，但是扁桃体并不发炎。只有在疲劳过度、着凉，机体的抵抗力下降时，隐窝中的细菌大量繁殖，其中的致病菌可使扁桃体红肿发炎、化脓。有一部分小儿经常发生扁桃体炎，在长期炎症的刺激下，扁桃体反而可以失去正常功能而转化成为对人体有害的病灶”，使机体产生抗原抗体复合物，引起远离扁桃体的器官的病变。
主要致病菌为乙型溶血性链球菌，葡萄球菌，肺炎双球菌。腺病毒也可引起本病。细菌和病毒混合感染也不少见。细菌可能是外界侵入的，亦可能系隐藏于扁桃体隐窝内的细菌，当机体抵抗力因寒冷，潮湿，过度劳累，体质虚弱，烟酒过度，有害气体刺激等因素骤然降低时，细菌繁殖加强所致。有时则为急性传染病的前驱症状，如麻疹及猩红热等。急性扁桃体炎往往是在慢性扁桃体基础上反复急性发作。