益生菌虽然好处量多，但是在冲调含有益生菌或者吃益生菌产品是也有诸多注意事项。
1、冲调含有益生菌的奶粉或制剂，要注意使用温开水（35-40℃）给宝宝服用，冲泡好的奶或益生菌制剂要及时服用，以免益生菌死亡失效。
2、益生菌不能与抗生素同服。抗菌素尤其是广谱抗菌素不能识别有害菌和有益菌，所以它杀死敌人的时候往往把有益菌也杀死了。这时候或者过后补点益生菌，都会对维持肠道菌群的平衡起到很好的作用。如果必须服用抗生素，服用益生菌与抗生素间隔的时间不应短于2-3小时。
3、1岁以上的宝宝，可以喝益生菌酸奶。特别是有食欲不振、便秘、经常腹泻或消化不良的宝宝，长期选择益生菌酸奶还能调节胃肠功能。喝酸奶后，若发生腹部不舒服或腹痛、恶心、呕吐，应立即停止饮用。
4、益生菌的食物有纤维、乳糖、淀粉、寡糖，益生菌的发酵产物等成分；所以在补充益生菌的同时，应多吃根茎类蔬菜、水果及海藻等食品，就等于在肠子里布置一个它们喜欢生长的环境。多数的益生菌并不喜欢肉类和葡萄糖，如果含益生菌的食品中含有过多的糖分也会降低菌种的活性。
5、胃酸过多的人、胃肠道手术后的病人、心内膜炎和重症胰腺炎患者不宜多喝益生菌酸奶，最好事先咨询医生；其他人则可以尽情享用。一般出生3个月后的婴幼儿即可开始逐渐补充一些含有益生菌的乳制品。对于孕期容易产生便秘等问题的孕妇来说，补充益生菌也是非常有帮助的，且一般随着年龄增加，肠内有害菌增多，所以成年人及老年人更需要补充益生菌。