菠萝吃多了容易发生过敏，这是因为菠萝酶的原因，菠萝酶是一种蛋白酶，提炼出来以后有很强的分解纤维蛋白和血凝块的作用，因此吃菠萝可以增进食欲。但菠萝酶也有副作用，菠萝中的少量菠萝蛋白酶吃到胃里后就被胃液分解破坏，容易引起肠胃不适。但是有少数人对这种酶有过敏反应，吃后15分钟到1小时左右出现剧烈腹痛、恶心、呕吐、腹泻，四肢潮红、荨麻疹，头痛、头晕、口舌发麻等症状，严重的还会发生呼吸困难、神志模糊、休克，危及生命。所谓菠萝过敏就是指此而言。
此外，菠萝还含有两种物质：一种是甙类。它是一种有机物，对人的皮肤、口腔黏膜有一定刺激性。所以吃了未经处理的生菠萝后口腔觉得发痒，但对健康尚无直接危害。另一种是羟色胺。它是一种含氮的有机物，有强烈的使血管收缩和使血压升高的作用，每100克果汁中含2.5毫克至3.5毫克，吃多后直接的反应就是头痛。
因此，吃菠萝须注意方法并要适量。吃菠萝时，可先把果皮削去，除尽果皮，然后切开放在盐水中浸泡一下，这样就可以减少菠萝朊酶过敏的事故发生，同时，使一部分有机酸分解在盐水里，菠萝的味道显得更甜。吃菠萝的量一次应控制在一个菠萝的1/5以内，如果菠萝个儿比较大，应控制在1/6以内，而且不能连续三天以上都吃菠萝。