木瓜籽有它的多种功效与作用，可以入药，木瓜籽含有木瓜酵素会让鲜肉软化，但市场上已经有经过提炼的“嫩肉粉”出售，使用起来比用木瓜籽方便得多。炒着吃富含锌。或者将木瓜子进行深化提取，做美容养颜护肤品。
木瓜是药食具佳的瓜果，中医认为木瓜味甘、平，有补脾、益胃、催乳、消食、驱虫的效用，可用于脾胃虚弱、食欲不振、消化不良、饮食积滞、产后缺乳、脘腹疼痛、驱除绦虫、蛔虫等病症。清心润肺可炖食，冰糖炖木瓜可清心润肺，医治喉炎等疾患。延年益寿木瓜在中国还有“万寿果”之称，多吃可延年益寿。呵护秀发以木瓜煎汤洗发，可增加头发的光泽。《太平圣惠方》中记载:用木瓜浸油梳头，可治“发槁不泽”。