导致发生自然流产的原因有胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素。
1、胚胎因素：胚胎染色体异常是流产的主要原因。早期流产子代检查发现50%-60%有染色体异常。夫妻任何一方有染色体异常均可传至子代，导致流产。染色体异常包括数目异常、结构异常。除了遗传因素以外，感染、药物等不良作用也可引起子代染色体异常，常在孕12周前发生流产。
2、母体因素：
（1）全身性疾病：全身性感染时高热可促进子宫收缩引起流产，梅毒螺旋体、流感病毒、巨细胞病毒、支原体、衣原体、弓形虫、单纯疱疹病毒等感染，可引起胎儿染色体畸变而导致流产。准妈妈患心衰竭、严重贫血、高血压、慢性肾炎及严重营养不良等缺血缺氧性疾病也可导致流产。
（2）内分泌异常：黄体功能不足可以导致早期流产。甲状腺功能低下、严重的糖尿病血糖未控制也可导致流产。
（3）免疫功能异常：与流产有关的免疫因素包括配偶的组织兼容性抗原(HLA)、胎儿抗原、血型抗原(ABO及Rh)及母体的自身免疫状态。父母的HLA位点相同频率高，使母体封闭抗体不足也可以导致反复流产。母儿血型不合、孕妇抗磷脂抗体产生过多、夫妇抗精子抗体的存在，均可使胚胎或胎儿受到排斥而产生流产。
（4）子宫异常：畸形子宫如子宫发育不良、单角子宫、双子宫、子宫纵隔、宫腔粘连以及黏膜下或肌壁间子宫肌瘤均可影响胚囊着床和发育而导致流产。宫颈重度裂伤、宫颈内口松弛、宫颈过短可导致胎儿破裂而流产。
（5）创伤刺激：子宫创伤如手术、直接撞击、性交过度也可以导致流产;过度紧张、焦虑、恐惧、忧伤等精神创伤，也有可能引起流产。
（6）不良习惯：过量吸烟、酗酒，吗啡、海洛因等毒品均可导致流产。
3、父亲因素：有研究证实精子的染色体异常可以导致自然流产。但临床上精子畸形率异常增高者是否与自然流产有关，尚无明确依据。
4、环境因素：砷、铅、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等化学物质过多接触，也可以导致流产。