1、下腹痛和痛经
疼痛是子宫内膜异位症的主要症状，典型症状为继发性痛经或进行性痛经加重。疼痛部位多出现在下腹、腰骶及盆腔中部，有时会阴部、肛门和大腿处也会出现疼痛，常于月经来潮时出现，并持续至整个经期。少数患者可表现为持续性下腹痛，经期加剧。
2、不孕
子宫内膜异位症患者不孕率有40%。引起不孕的原因有：盆腔微环境的改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加并破坏子宫内膜正常代谢及生理功能，卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。中、重度患者可因卵巢、输卵管周围粘连而影响受精卵运输。
3、性交不适
多见于直肠子宫陷凹有异位病灶或因局部粘连使子宫后倾固定者。性交时碰撞或子宫收缩上提而引起疼痛，一般表现为深部性交痛，月经来潮前性交痛最明显。
4、月经异常
15%-30%的子宫内膜异位症患者有月经量多、经期延长、月经淋漓不尽或经前期点滴出血的情况。可能与卵巢是指病变、无排卵、黄体功能不足或合并有子宫腺肌病和子宫肌瘤有关。
当子宫内膜异位出现在盆腔外部位时，均可在局部出现周期性疼痛、出血和肿块，并出现相应症状：
1、子宫内膜异位出现在肠道时，患者可出现腹痛、腹泻、便秘或周期性少量便血，严重者可因肿块压迫肠腔而出现肠阻症状;
2、子宫内膜异位出现在膀胱时，患者常在经期出现尿痛和尿频，但多被痛经症状掩盖;
3、子宫内膜异位病灶侵犯或压迫输尿管时，会引起输尿管狭窄、阻塞，出现腰痛和血尿，甚至形成肾盂积水和继发性肾萎缩;
4、子宫内膜异位出现在手术瘢痕部位时，患者常在剖宫产或会阴侧切术后数月至数年出现周期性瘢痕处疼痛，在瘢痕深部出现疼痛包块，随时间延长，包块逐渐增大，疼痛加剧;
除上述症状外，卵巢子宫内膜异位囊肿破裂时，囊内容物流入盆腹腔引起突发性剧烈腹痛，伴恶心、呕吐和肛门坠涨。疼痛多发生于经期前后、性交后或其它腹压增加的情况，症状类似输卵管妊娠破裂，但无腹腔内出血。