包括对抑制疼痛的对症治疗、抑制雌激素合成使异位内膜萎缩、阻断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期为目的的性激素治疗，适用于有慢性盆腔痛、经期痛经症状明显、有生育要求及无卵巢囊肿形成患者。
1、口服避孕药：能降低垂体促性腺激素水平，并直接作用于子宫内膜和异位内膜，导致内膜萎缩和经量减少。目前临床上常用低剂量高效孕激素炔雌醇复合制剂，用法为每日1片，连续用6-9个月，适合轻度子宫内膜异位症患者。
2、孕激素：单用人工合成高效孕激素，通过抑制垂体促性腺激素分泌，造成无周期性的低雌激素状态，并与内源雌激素共同作用，造成高孕激素性闭经和内膜蜕膜化形成假孕。所用剂量为避孕剂量的3-4倍，连续用6个月。
3、孕三烯酮：有抗孕激素、重度抗雌激素和抗性腺效应，使体内雌激素水平下降，能使异位内膜萎缩、吸收。每周用药2次，每次2.5mg，在月经第1天开始服药，6个月为1个疗程。
4、达那唑：通过抑制激素并直接与子宫内膜雌、孕激素受体结合，抑制内膜细胞增生，最终导致子宫内膜萎缩，出现闭经。适用于轻度及重度内异症痛经明显的患者。于月经第1日开始口服200mg，每日2-3次，持续用药6个月。
适用于药物治疗后症状不缓解、局部病变加剧或生育功能未恢复者，较大的卵巢内膜异位囊肿者。首选腹腔镜手术法。手术方式有：
1、保留生育功能手术：切净或破坏所有课件的异位内膜病灶、分离粘连、恢复正常的解剖结构，但保留子宫、一侧或双侧卵巢，至少保留部分卵巢组织。
2、保留卵巢功能手术：切除盆腔内病灶及子宫，保留至少一侧或部分卵巢。适用于症状明显且无生育要求的45岁以下患者，术后复发率约5%。
3、根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。
手术和药物联合治疗：手术治疗前给予3-6个月的药物治疗，使异位病灶缩小、软化，有利于缩小手术范围和手术操作。对保守性手术、手术不彻底或术后疼痛不缓解者，术后给予6个月的药物治疗，推迟复发。
轻度子宫内膜异位症患者首选期待疗法。定期随访，并对症处理病变引起的轻微经期腹痛，可给予前列腺素合成酶抑制剂，如吲哚美辛、萘普生、布洛芬等。对于备孕的女性则应避免服药，应尽早促使其妊娠，因为怀孕后，异位内膜病灶坏死萎缩，分娩后症状缓解并有望治愈。
患者在月经期间应注意休息、保暖，保持心情愉快，疼痛时可用热水袋热敷下腹部，尽量避免过度或过强的活动，以防止剧烈的体位和腹压变化引起的经血倒流。避免月经期及月经刚净时同房，以免将脱落的子宫内膜经输卵管送入盆腔，提高发病风险。此外，女性产后应尽早做恢复体操，以防子宫后倾。