1.肠胃功能减弱，机体抵抗力降低。长期靠蛋白质粉维持机体活力，会降低肠胃功能及机体抵抗力。尤其是正在发育的婴幼儿及儿童，肠胃正需要锻炼的时期，靠捷径补充营养素是不可取的。
2.加重肾脏负担，造成肾功能下降，出现蛋白尿。蛋白质需要经肝脏加工转化为人体自身物质，同时，蛋白质在体内代谢时产生氨、尿素、肌苷等含氮物质，需要经过肾脏排泄。如果摄入过多，增加肝、肾负担，对人体产生不利影响。特别是患有糖尿病、肾炎、肾功能不全等疾病的病人，其肾脏受损的程度更为严重，出现蛋白尿是一个表象。
3.过量摄入蛋白质粉，易引发心脑血管疾病。患有痛风的病人，要避免食用以大豆蛋白为主要成分的蛋白质粉。因为大豆中的嘌呤可以造成体内尿酸增高，促成或加重痛风。
4.易使人肥胖，导致骨质疏松。人体多余的蛋白质在消化吸收后，肝脏会将它们转变成肝糖原或肌糖原贮存起来;如果肝糖原或肌糖原已经足够，则转变成脂肪贮存起来;这样就会使人肥胖。绝经后妇女过多食用蛋白质会使肾脏排出较多的钙，使骨质硬化程度降低，引起骨质疏松。