粪瘘的治疗为手术修补，修补效果比尿瘘佳。其损伤后自愈的机会也比尿瘘多。新鲜创伤（如手术或外伤）应立即进行修补。陈旧性粪瘘，如为部位较高的直肠阴道瘘，则按尿瘘修补的原则方法及手术要求，分离瘘孔的周边组织，使阴道壁与直肠粘膜分离，先缝直肠壁（不透粘膜），后缝合阴道壁。如直肠阴道壁近于肛门，则首先从正中剪开肛门与瘘孔之间的阴道直肠隔，使成会阴三度裂伤，再行修补。
如粪瘘与尿瘘两者并存，宜同时修补。如粪瘘较大，或瘢痕组织较多，估计手术困难者可先作腹壁结肠造瘘及尿瘘修补，待尿瘘愈合后，间隔4周，再进行粪瘘修补，成功后再使造瘘之结肠复位。此种情况虽较少，在方法、步骤上须结合具体情况慎重考虑。
粪瘘的术前准备及术后处理，对粪瘘修补的愈合关系较大。
术前3～5天开始进无渣半流质，并给予灭滴灵0.2g，每日3～4次;共服3～4天，庆大霉素8万U，肌注，1日2次，用3～4天，或术前日服新霉素1g，或每日口服链霉素1g，3～4天，以减少肠道感染机会。术前一日服番泻叶15g(冲饮)，或术前晚清洁洗肛，并冲洗阴道。
术后继续给予无渣半流质饮食并控制排便3～5天，可给予5%鸦片酊5ml，每日3次;继给灭滴灵等预防感染，促进伤口愈合。自术后第4日起每晚服液体石蜡30～40ml，或每日服番泻叶15g，使粪便变稀或软化易于排出(排便次数过多时可停服)。此外，术后还应保持外阴清洁。