避孕药的药效及危害会因种类的不一样而有所差异，一般来说，普通避孕药不会影响到生育。因为避孕药的作用主要是抑制卵巢排卵，1个月经周期内使用的药物只能避孕1个月，所以停用避孕药后卵巢会很快恢复排卵功能。
据大量的统计资料表明，连续服药6个月的妇女 ，停药后第1个月经周期卵巢就恢复排卵;连续服药1年以上者，停药1-2个月恢复排卵;连续服药时间更长的妇女，大多数在停药后1个月恢复排卵，98%的妇女在3个月内恢复排卵。有排卵就有可能怀孕，所以服用普通的避孕药一般不会影响生育。
不过，紧急避孕药就可能会对生育有一定的影响，因为紧急避孕药一般情况下是单一的孕激素，它会导致内分泌系统紊乱。而人体是一个严密的整体，如果经常吃外来的激素，会对卵巢等生殖器官产生影响。紧急避孕一个月经周期中只能服药一次，本周期服药后性生活仍应采取其他可靠的避孕措施。
如果因为紧急避孕失败而妊娠，出生的新生儿畸形发生率很高，应该选择终止妊娠。紧急避孕药一年内最好服用在三次以内，并且最好在医生指导下使用，因为它对女性身体伤害很大，恶心、呕吐、月经紊乱等都有可能出现。