1、一般处理。孕妇要注意个人卫生，特别是在性生活上。在妊娠初期，要开始衣原体检查。同时，为了防止产道感染，在分娩前(约36孕周)要进行衣原体抗体检查，如果检查结果为阳性的孕妇，需要再做行抗原检查。对抗原阳性孕妇于分娩前2周进行药物治疗。
2、药物治疗。药物不仅作用于感染衣原体的孕妇，还能起到预防新生儿感染的作用。常用的药物主要有红霉素、阿奇霉素、克林霉素等。孕妇应该在专职医生的指导下安全用药。
3、妊娠处理。在孕早期发生的沙眼衣感染，如孕妇担心会传染给胎儿，可以根据个人意愿终止妊娠。若是在中晚期发现衣原体感染，可以在治疗的基础上继续妊娠。在分娩前，可以再做衣原体检测，以指导产时新生儿的处理。