孕妇感染巨细胞病毒对胎儿可产生严重的危害。一般情况下，在怀孕头三个月胎儿感染率最高。
在孕早期感染巨细胞病毒，可造成胎儿多种先天畸形疾病或者流产。例如造成胎儿智力低下、小头、小耳、视神经萎缩、脉络膜视网膜炎。在严重的情况下会造成流产、早产、死胎等，或者是胎儿出生后体重过轻。
在孕中期感染的巨细胞病，病毒主要通过胎盘让胎儿受到感染，或者病毒通过胎膜使羊水受到污染，被污染的羊水会被胎儿吞咽，致使胎儿合并感染。
在怀孕后期，由于孕妇体内激素的改变，大量巨细胞病毒可被激活，而且部分病毒细胞可从宫颈管排巨细胞病毒，在分娩时，胎儿通过经软产道，可接触或呑咽含病毒的宫颈分泌物、血液而感染。
如果胎儿及新生儿感染到巨细胞病毒，可出现肝脾肿大、黄疸、血小板减少，或者出现瘀点瘀斑 、脉络膜视网膜炎、脑炎体钙化等情况。隐性症状一般在出生后1天至数天内出现，还可造成耳聋、精神性和身体性发育减缓。