医院常采用咽拭子培养及细菌药敏试验来进行咽炎检查。
根据病史、症状及局部检查所见，诊断不难。为明确致病菌，可进行咽部细菌培养。
急性咽炎应注意是否为急性传染病（如麻疹、猩红热、流感和百日咳等）的前驱症状或伴发症状，在儿童患者尤为重要。此外，如在口腔、咽部、扁桃体出现假膜坏死，应行血液检查，以排除血液病。急性咽炎可引起中耳炎、鼻窦炎、喉炎、气管支气管炎及肺炎。若致病菌及其毒素侵入血循环，则可引起急性肾炎、风湿热、败血症等全身并发症。
鼻、咽、喉、食管和颈部的早期恶性病变仅有与慢性咽炎相似的症状，故应应排除这些部位的隐匿性病变，须作全面仔细的检查，以免误诊。
另外，也需与扁桃体炎鉴别。急性扁桃体炎的咽痛及全身症状均比急性咽炎严重，检查可见扁桃体红肿化脓，咽部粘膜虽受影响，但淋巴滤泡无化脓表现。
与咽白喉相鉴别，咽白喉全身中毒症状明显，精神萎靡，咽部可见灰白色假膜，取分泌物检查可找到白喉杆菌。
萎缩性咽炎应注意与干燥综合征相鉴别，后者除了咽部干燥外，还有口干、眼干以及结缔组织疾病，血清学检查可明确诊断。