胎儿在母体内的发育可分为3个时期。卵子受精后到18天左右为细胞增殖早期，此期胚胎尚未进行分化，用药的影响不表现为致畸，而是导致胚胎死亡、流产或仍能发育成正常个体。卵子受精后3周～3个月(高敏期为妊娠21～35天)是胎儿器官发生期，这一时期胎儿对药物最敏感，可导致各种致畸现象。妊娠3个月至足月为胎儿形成期，这一时期除中枢神经系统或生殖系统可因有害药物致畸，其他器官一般不致畸，但可能影响胎儿的生理功能和发育成长。
1、畸形
怀孕前3个月是胎儿器官和脏器的分化时期，容易受到药物影响而导致畸形，易引起胎儿肢体、耳、骨骼畸形;雌激素、雄激素和孕激素常引起胎儿性发育异常;抗癌药氨甲喋呤可致胎儿颅骨和面部畸形、腭裂等;氮芥类抗癌药可引起胎儿泌尿生殖系异常、指趾畸形等。
2、中枢抑制或神经损伤
孕妇妊娠期服用镇静、安定、麻醉、止痛、抗组织胺或其他中枢神经抑制药，可抑制胎儿的神经活动，并改变脑的发育。产程中给孕妇使用麻醉剂(如乙醚、氯仿等)、镇痛药(如吗啡、度冷丁)、安定药，可引起胎儿中枢神经抑制或神经系统损害，娩出的新生儿出现不吃、不哭、低体温、呼吸抑制或循环衰竭等症状。
3、溶血
妊娠后期孕妇使用双香豆素类抗凝药、大剂量的苯巴比妥或长期服用阿斯匹林，可导致胎儿严重出血，甚至死胎。
4、器官功能损害
妊娠期使用氨基糖甙类抗生素如链霉素、卡那霉素、庆大霉素等，可导致胎儿永久性耳聋或肾脏损害；妊娠5个月后使用四环素可使出生的婴儿以后牙齿黄染、牙釉质发育不全、骨生长障碍；抗疟药氯喹可引起胎儿视神经损害、智力障碍和惊厥；长期应用氯丙嗪可使婴儿视网膜病变；抗甲状腺药如硫脲嘧啶、他巴唑、碘剂，可影响胎儿的甲状腺功能，导致死胎、先天性甲状腺功能低下或胎儿甲状腺肿大，甚至压迫呼吸道引起窒息；产前应用氯霉素可引起新生儿循环障碍和灰婴综合征。