花斑癣属于真菌感染，因此临床上一般选用药物抗真菌剂治疗，也可配合一些外用药涂抹患处治疗。
1、内服药：大面积花斑癣宜口服酮康唑，每天200mg顿服，连服10天。氟康唑每天50 mg顿服，连续10天。伊曲康唑每天200mg顿服，连服5-7天。
治疗后遗留的色素减退恢复至正常肤色较慢，照射紫外线可加速恢复。
2、外用药物：局部使用角质剥脱剂或其他抗真菌制剂，如复方雷琐辛搽剂或咪康唑霜等。或用20%-40%硫代硫酸钠搽剂，每天2次，连续2周。或用2%克霉唑霜、1%特比萘芬霜外用(该药不经汗腺分泌，口服无效)、2.5%硫化硒霜或洗剂、1%的联苯苄唑霜或2%酮康唑洗剂，一般用药2~4周可临床治愈。
3、治疗脂溢性皮炎的香波，如含1%二硫化硒的香波，可用来治疗花斑癣。用这种香波睡觉前涂敷患处，保留过夜，第二天早上再冲洗掉。治疗持续3-4个晚上。如有皮肤刺激，必须减少香波与皮肤的接触时间，只保留20-60分钟，或需要换另一种治疗。
4、治愈后患处皮肤几个月不会有正常的色素沉着。当除去鳞屑或皮损痊愈时，留有暂时性的色素减退斑。病程慢性，一般冬天消退，夏天又发。正常情况下皮肤上可以存在引起感染的真菌。因此，治愈后，症状又常常出现，这种情况下必须再治疗。
花斑癣治愈后容易复发。因此，患儿痊愈后应继续保持皮肤清洁，患儿使用过的衣物要彻底消毒后才可使用。