学习障碍的病因到目前尚不清楚，仍处于探索阶段，普遍认为是多种因素综合作用的结果，既有内因，又有外因；既有个人生理心理方面的因素，也有家庭社会等环境因素；既有先天因素，也有后天因素。总之，造成学习障碍的病因是多方面的，是内外因素综合作用的结果。到目前为止，关于宝宝学习障碍的病因分析如下：
1、生理因素：
（1）宝宝在胎儿期、出生时出生后由于某种病伤而造成轻度脑损伤或轻度脑功能障碍。
（2）遗传因素。有些学习技能障碍具有遗传性，如宝宝的父亲、爷爷或其他亲属可见到类似情况。
（3）身心发展落后于同龄宝宝的发展水平。乳牙脱得慢、走路说话迟、个子特别矮小等；感觉器官功能的缺陷或运动协调功能差。
（4）身体疾病。宝宝若体弱多病，经常缺课，会使得所学的功课连续性间断，学习的内容联系不起来，自然会导致学习困难。有的宝宝上课小动作多，或存在注意缺陷，不能集中注意力，也会导致学习困难。
2、环境因素：
（1）不良的家庭环境。由于父母长期在外工作或家庭成员关系紧张等原因，使宝宝从小就未得到大人充分的爱抚，特别是缺乏母爱。
（2）宝宝在幼年时未得到良好教养，在宝宝早年生长发育的关键期，没有提供丰富的环境刺激和教育。
（3）不适当的学习内容和教育方法使宝宝产生厌学情绪。有些父母望子成龙心切，他们拔苗助长，不按宝宝的身心特点进行教育，常在是教育的内容、方式、方法上违反教育规律。如学前儿童小学化，小学儿童初中化等。
3、营养与代谢：近来研究证实，宝宝学习困难与营养代谢相关，某些微量元素不足或膳食不合理，营养不平衡可影响智力发育。过去认为碘摄入不足影响儿童智力，锂元素影响儿童的性格特征，进而影响学习。有研究表明有学习障碍的宝宝中微量元素锌、铜的含量显着低于正常儿童，而铁也是影响学习成绩的重要因素。
4、心理因素：宝宝学习障碍与心理因素密切相关过去已有认识，近来大量研究得以进一步证实，宝宝学习障碍存在普遍的心理问题。普遍观察得到的结果是学习障碍宝宝学习动机水平低学习动力不足，学习兴趣差，情绪易波动，意志障碍，认知障碍，自我意识水平低等。