应根据宝宝的年龄、类型、程度、临床表现以及心理测评结果来确定。一般原则是以接纳、理解、支持和鼓励为主，以改善患儿不良的自我意识，增强其自信心和学习动机。进而根据他们的认知特点，采取针对性的教育治疗，并且尽可能取得家长与学校的配合。
迄今应用于这类宝宝的治疗方法已有多种。但得到公认有效的方法主要是治疗教育、药物疗法和精神疗法，综合应用效果更佳。实施矫治时坚持个别化原则，并且忌高起点、超负荷训练，要及时进行效果/心理评估，以调整后期训练。
对于宝宝学习障碍的治疗，主要还是以学习能力训练、感觉统合训练以及心理咨询来进行治疗：
1、学习能力训练
学习能力训练是建立在儿童心理学和儿童教育学的基础上，从注意力、记忆力、运动能力、口语表达、阅读写作、数学计算、概念理解、逻辑推理以及有效的学习策略等项目入手，通过专业教师耐心指导，使宝宝的学习能力得到提高。学习能力的训练还包括了对语言发育障碍（发音错误、口语表达明显低于实际年龄、语言了解困难）、孤独症 （社交、语言能力异常，伴随刻板的重复活动）等宝宝的训练。
2、感觉统合训练
学习困难宝宝常伴有感觉统合失调，可以通过感觉统合功能训练来进行矫治。感觉统合训练是通过特殊研制的器材，以游戏的形式对宝宝进行一系列的行为和脑力活动强化训练，使大脑能将训练中接受的各种感觉信息进行综合处理，并做出正确决策，提高注意力、自我控制能力、组织能力等。
3、心理咨询
学习困难宝宝中大多数对学习无兴趣、求知欲低，经历失败的机会较多，容易形成自卑、自信心不足等不良的自我意识。因此，心理支持非常重要。通过心理咨询可调整他们的情绪，激发学习动机，改善自信和人际关系，培养良好的性格。此外，这类宝宝的父母也可能存在焦虑情绪，并采取不合适的教养方法。父母要改进处理家庭问题的方法，创造民主、祥和、欢乐的家庭氛围，改进与宝宝交流的方式，树立正确的教养态度并营造良好的家庭学习氛围。同时，老师要了解并尊重学习困难宝宝，帮助他们发展正向的自我观念。