肺炎支原体进入孩子体内后并不立即引起症状，在潜伏了约2-3周后才会引起症状。孩子主要表现为发热、头痛、畏寒、咳嗽、疲乏、全身不适、食欲不振等。
1、咳嗽：初期孩子而咳嗽少痰，呈干咳状，以后逐渐转成顽固性的剧烈咳嗽，伴有少量黏液样痰，特别在夜间咳得很厉害，有点像百日咳。婴幼儿表现出喘憋和呼吸困难。其中约3%-10%可以发展成支原体肺炎。有的患儿无明显的咳嗽，而以高热、寒战和咽痛症状为主。
2、其他器官病变：肺炎支原体还会引起其他系统和器官的病变，如麻疹样皮疹、肌痛、游走性关节疼痛、肝功能损害、溶血性贫血、脑膜脑炎、心肌炎、心包炎、肾炎等。
支原体感染引起的咳嗽VS哮喘后出现的咳嗽
支原体感染：孩子支原体感染有十分显著的特点，多见年龄较大的孩子，特别是3岁以上的孩子，1岁以内较少见；中度发热，体温多在38-39℃；刺激性咳嗽、较剧烈，持续时间长，短期治疗效果不佳；几乎不会出现喘息。
支气管哮喘：支气管哮喘的孩子，有时候咳嗽也很剧烈，但是同时有喘息出现，有些家长没有意识到孩子出现喘息，一方面是不知道什么叫喘，只发现孩子好象喉咙里有咝咝的声音或感觉孩子总有痰吐不出来的声音;有些孩子也确实是不典型，医生只有通过听诊器可以听见呼气末的喘鸣。
本病多见于年龄大的儿童，但近年婴幼儿发病逐年增多，且发病急、病情重、病程长，以呼吸困难、喘憋和喘鸣音为主。孩子若有这些症状，要及时治疗。