小儿肛裂可以通过观察孩子肛门情况来判断，也可以通过一些诊查手段来确诊。一般来说，小儿肛裂除肛门视诊外一般无需特殊检查，但如病因不明或合并其他疾病，则视具体情况选用适当的检查方案。
1、直肠指诊及内镜检查
对难以确诊的肛裂可酌情进行直肠指诊及肛门镜检查，操作时应动作轻柔，以免引起孩子患处剧痛。
2、组织病理学检查
对位于侧位的慢性溃疡，要想到有否结核、癌、克罗恩病及溃疡性结肠炎等罕见病变，行活组织病理检查可鉴别诊断。
小儿肛裂鉴别诊断方法：
1、肛门损伤：因肛门检查过于粗暴或大便过于干结或外伤等原因引起孩子肛管损伤，创口新鲜浅表，色鲜红，排便时便血相对较多，疼痛剧烈，裂口可发生于肛门任何部位，多可自愈。有明显外伤史或便秘史。
2、肛门皲裂：此种情况孩子多伴有肛门湿疹、皮炎、肛门瘙痒症等病证，由于肛门周围皮肤皮革化后易发生皲裂。裂口多分布于肛门周围皮肤，裂口浅表，呈无规律分布的裂纹，疼痛轻，便血少，无肛乳头肥大、哨兵痔等异物突起。也发生在大便干燥时，排便时疼痛；
3、肛管结核性溃疡：孩子有结核病史，溃疡的形状不规则，边缘不整齐，溃疡底部呈污灰色苔膜，混有脓性分泌物，疼痛轻，无哨兵痔，裂口可在肛门任何部位；
4、克隆氏病的肛门溃疡：孩子有克隆氏病史，曾反复出现腹泻、腹痛、低热等症状，肛管溃疡与肛门瘘管并存。