小儿腹泻有多种病因、多种因素所致，分内在因素、感染性及非感染性三类。
1、内在因素
（1）机体防御功能较差：婴幼儿时期，孩子免疫功能较差，血液中的免疫球蛋白和胃肠道SIgA均较低，胃肠屏障功能较弱，对感染因素防御功能差。
（2）消化系统发育不成熟：婴幼儿时期，神经系统对胃肠道调节功能较差，不易适应食物的质和量，且生长发育快，营养物质的需要相对较多，胃肠道负担较大，消化功能经常处于紧张状态，易发生消化功能紊乱。
2、感染因素
（1）肠道感染：主要由细菌和病毒引起，有：
①细菌：大肠埃希杆菌、空肠弯曲菌、耶尔森菌、金黄色葡萄球菌等。
②病毒：轮状病毒，是引起婴幼儿腹泻的主要病原。诺沃克病毒、肠道腺病毒、星状病毒、冠状病毒等。
③真菌和原虫：真菌感染主要为白色念珠菌，一些原虫的感染如蓝氏贾第鞭毛虫、结肠小袋虫、阿米巴原虫等。
(2)肠道外感染：小儿患上呼吸道感染、肺炎、肾盂肾炎、中耳炎、皮肤感染及其他急性感染性疾病时可伴有腹泻，这是由于发热及病原体毒素的影响，使消化功能紊乱，酶分泌减少，肠蠕动增加所致。
3、非感染因素：
（1）饮食因素：过多过早给孩子喂哺大量淀粉类、脂肪类食物，突然改变食物品种和断奶等均可导致小儿腹泻。
（2）气候因素：气候突然变化，使肠蠕动增加，消化酶和胃酸分泌减少，可诱发腹泻。
（3）过敏因素：乳糖不耐受症、糖原性腹泻、原发性肠吸收不良等都可引起腹泻。