治疗小儿厌食症需要针对发病原因对症处理。若是由于饮食不当引起的厌食症，应改正不良饮食习惯，着重恢复小儿的消化功能，可配中药成方让小儿进服，达到开胃健脾的效果。若是由于缺乏微量元素或疾病导致的厌食，家长需为小儿补充微量元素，并积极治疗疾病，让小儿尽快康复。可以采用以下治疗方法：
1、中药内服法：包括服用汤剂治疗和中成药治疗。汤剂可用不换金正气散加减，常用苍术、陈皮、佩兰、藿香、半夏、枳壳、神曲、鸡金、麦芽等，脘痞腹胀者，可加菜菔子、木香;湿热困阻者，可加薏苡仁;呕恶不适者，可加砂仁、叩仁。中成药可用化积口服液、消食健儿糖浆等。
2、针刺疗法：刺四缝穴，常规消毒后先刺出液体挤出，至刺出血为止，3天后重复一次。
3、穴位注射疗法：可用维生素B121mg，分别注射左右足三里穴。
4、推拿疗法：运用推脾经、分腹阴阳、逆运内八卦、摩腹、捏脊等方法治疗。
5、外敷疗法：运用中药散剂如胡黄连、神曲、枳壳、木香、陈皮等药研末而成的“开胃散”，外敷脐部治疗。
6、补锌：硫酸锌10mg，放糖浆内喂养小儿，每日1-2次。如检查血锌低下，可用硫酸锌2-3mgkg·d，疗程1-3个月。锌能使味蕾细胞迅速再生，改善味蕾的敏锐度，又能提高消化功能，对缺锌的患儿有效率高达90%以上。
除了配合治疗外，家长也应逐步改正小儿的不良饮食习惯，才能有效避免小儿厌食。