衣原体感染结膜后潜伏期约为5～12天，多发生于儿童及少年时期，患者早期可无不适感觉，仅于体检时才被发现，病情发展后多数沙眼有流泪、畏光、痒涩感、异物感、烧灼感和干燥感等症状，分泌物粘稠、结膜充血显著、乳头增生、滤泡形成或瘢痕形成。
少数严重的沙眼可引起很多严重的后遗症与并发症，如睑内翻及倒睫、睑球粘连、慢性泪囊炎、实质性结膜干燥症、角膜溃疡等，此时则出现明显刺激症状，视力也可不同程度地受损。
典型的沙眼在临床上容易诊断，轻型早期病例则较困难，易与其他结膜病相混淆，因为乳头滤泡并不是沙眼的特异性改变。1979年中华医学会眼科学会决定，沙眼的诊断依据为：
1、上穹窿部和上睑结膜血管模糊充血，乳头增生或滤泡形成，或二者兼有。
2、用放大镜或裂隙灯角膜显微镜检查可见角膜血管翳。
3、上穹窿部和上睑结膜出现瘢痕。
4、结膜刮片找到沙眼包涵体。在第一项的基础上，兼有其他三项中之一者可以诊断为沙眼。
我国将沙眼分为三期。
第Ⅰ期：进行期即活动期，上穹窿部和上睑结膜有活动病变(结膜血管模糊、充血，乳头增生，滤泡形成，有角膜血管翳);
第Ⅱ期：退行期，自瘢痕开始发现至大部变为瘢痕，结膜有活动病变，同时出现瘢痕;
第Ⅲ期：完全结瘢期，结膜仅有瘢痕，而无活动病变，无传染性。
第Ⅰ、Ⅱ期沙眼按病变严重程度又分为轻、中、重三级。轻度者即活动病变占上睑结膜总面积1/3以下;中度者活动病变占上睑结膜面积的1/3～2/3 范围;重度者其活动病变占上睑结膜2/3以上。