小儿痢疾主要是因为感染病毒引起，是一种传染性强的肠道疾病。小儿痢疾的病原为痢疾杆菌，痢疾杆菌能产生毒素，其进入肠道后，在患儿肠道中借助碱性环境迅速繁殖，并逐步入侵患儿肠粘膜上皮细胞和其固有层，引起结肠的炎症反应，导致发病。
痢疾杆菌，属肠杆菌科志贺菌属。为革兰阴性、需氧、无鞭毛、不能运动、无荚膜、不形成芽孢的杆菌。长约1-3?m；在水中可生存5-9天，食物中可生存10天，对阳光极敏感，经照射30min即死亡；在低温潮湿的地方，可生存几个月，需要在100摄氏度环境下10分钟才能被杀死。在蔬菜、瓜果、食品及被污染的物品上可生存1-2周。采用苯扎溴铵(新洁尔灭)、漂白粉、过氧乙酸、石灰乳、来苏水均可将其杀灭。在37%培养基上生长良好。应用去氧胆酸盐SS培养基和伊红亚甲蓝培养基可获纯培养。用木糖赖氨酸去氧胆酸盐琼脂培养基阳性率较高。
痢疾杆菌根据菌体O抗原的结构不同，可分为A、B、C、D 4个群，群内又分为47个血清型(包括亚型)：
A群：志贺痢疾杆菌(Shigella)，此群对甘露醇不发酵，无鸟氨酸脱羧酶，与其他各群无血清学联系。此群有1-12个血清型。A群1型为志贺菌，2型为施密次菌(Schmitz)，其余为副志贺痢疾杆菌。
B群：福氏痢疾杆菌(Flexner)，发酵甘露醇，无鸟氨酸脱羧酶，各型间有交叉凝集。已有13个血清型(包括亚型和变种)。
C群：为鲍痢疾杆菌(Boydii)，发酵甘露醇，有鸟氨酸脱羧酶，各型间无交叉凝集。有1-18个血清型。
D群：宋内痢疾杆菌(Sonne)，发酵甘露醇，有鸟氨酸脱羧酶，迟缓发酵乳糖。仅有1个血清型。但近年来按其发酵乳糖的能力可分2株，依其产生大肠菌素的能力又可分16个型。
有研究发现，痢疾杆菌对多种抗菌药物的耐药性逐渐增高。因此，家长需明确孩子患痢疾的原因，并选择合适的抗菌药进行治疗，才能达到好的疗效。