腹部平坦见于膈疝，也见于某些消化道畸形如食道闭锁或肠闭锁，并且因闭锁部位不一而腹部外形各异。因肠壁平滑肌发育不完善，发生肠梗阻时以腹胀为主，很少见到肠型。新生儿腹部肿物最多见的是泌尿道畸形、肾胚胎瘤和卵巢囊肿，其次是胎粪性腹膜炎。
新生儿3天至1周内突然出现的极度腹胀，应考虑自发性胃穿孔。早产儿缺氧感染时出现腹胀，应考虑坏死性小肠结肠炎。
腹部的先天性缺损有先天性腹肌缺如有脐疝，最严重的一望可知的腹部畸形是脐膨出和腹裂。脐膨出又叫脐带疝，与脐疝截然不同，透过其膨大突出囊膜(腹膜)可窥见腹腔的内脏;腹裂则为腹壁从中线处全层裂开，肝肠等内脏翻出。