由于痢疾属于肠道传染病，临床上一般采用粪便检查法和血常规来确诊病情。除此之外，小儿痢疾还可以通过结肠镜和X线检查等检查确诊，这些检查一般用于慢性痢疾。
1、粪便检查：可以进行粪便常规、粪便培养和粪便细菌抗原检测、粪便镜检等检查。
粪便常规：外观黏液便及脓血便，镜下见较多红、白细胞，以及吞噬细胞。
粪便培养：约70%以上可培养出致病菌。应在应用抗生素之前取粪便的脓血部分做培养。作培养时要采取新鲜脓血便，最好在床边即接种培养，若不能即时做，可将标本放入缓冲甘油盐水液中保存，尽快送细菌室培养。在用抗菌药治疗前采集粪便标本，可提高培养阳性率。阳性者做药物敏感试验。
粪便镜检：每一高倍镜视野脓细胞>15个并见有红细胞，门诊即可诊断菌痢并填报传染病卡片。
粪便细菌抗原检测：采用荧光抗体染色法、免疫荧光表菌球法、乳胶凝集试验，协同凝集试验、PCR直接检测法等，是具有快速、敏感、简便的诊断方法。
2、血常规检查：小儿患急性痢疾时，体内白细胞总数、中性粒细胞显著增高；而患慢性痢疾时则时常有轻度贫血。
3、PCR快速诊断：最近已研制出PCR快速诊断法，但需集中多份标本一起检查，尚不能广泛用于临床。
同时，家长可以自行检查孩子身体，若发现孩子在夏秋季节出现腹泻，伴有发热，粪便带粘液或脓血；又或者孩子曾接触过痢疾患者，都应考虑为孩子患痢疾。