自闭症是生理因素造成的障碍。既然自闭症是生理因素使然，药物治疗便成为自闭症儿童处遇的优先考虑。除药物治疗外，还应该辅助行为训练、以及特殊教育，引导自闭症患儿能够生活自理。
特教界的一句名言“医学的终止，教育的开始”应用于自闭儿教育是十分正确的。自闭儿的父母应咨询医师考虑药物治疗的可能性或必要性。调查研究发现：自闭症这个族群比其他障碍儿童比较普遍使用药物治疗（精神病用药及抗癫痫药物）。
现在自闭症的治疗有四种主要方向：
1、医学上的治疗：
① 预防性治撩：防止自闭症的出现，包括遗传学上的辅导。
② 补救性治疗：及早诊断，针对生理因素而加以治疗。暂时这两种方法都未有突破性进展。
③ 征状性治疗：药物治疗可以减轻征状，例如过份活跃、不集中、情绪不稳定、暴力倾向、睡眠困难等。
2、行为心理治疗及特殊教育：
主要的治疗集中在这个方向，而事实上亦对自闭症儿童及家庭有很大的帮助。该方式基本原则有：
① 一个一致的治疗计划。
② 尽量令自闭症儿童能明白对他的要求，令他对环境产生兴趣，觉得参予有意义。
因此不能让他独自消磨下去。要制造一个稳定、一致的治疗结构，与及要主动的帮助他们参予。
A、教他的东西要适合他的能力。
B、尽量帮助家长去学习在家里用同样的方法教导他。
③ 教他学习正常行为去代替异常行为。
④ 尽量用鼓励的方法：
C、开始时可能需要物质奖励，去帮助他参予。
D、最重要是令他参予后得到成功感。成功的经验会令他的情绪稳定，及有更大的动机去参予。
E、要从多方面去评估他的能力。他的能力是参差不齐的。根据评估结果去提供适合他能力的训练方法及学习机会。
F、重覆性行为及不愿改变的倾向需要慢慢治疗。通常是帮助他学习其他较好的行为去代替这些行为。另外，他们愈明白得多，这些行为就会愈少。
G、用行为心理治疗方法去应付一些困难行为，例如发脾气、不愿吃饭等。
H、尽量令儿童和家长有愉快的生活经验。
3、言语治疗：
言语治疗师的协助十分重要。将儿童言语的发展详细分析，然后订出适当的训练方法，将这些方法融合于儿童的日常生活之中。另外根据他的进步，将方法调整。帮助每个和儿童经常接触的人去学习这些治疗办法。
4、社会工作治疗：
自闭症儿童对家庭造成很大的压力。首先要帮助家长认识儿童的基本病理，发展程度及治疗方法。另外，减少家庭的压力，例如经济方面、居住方面。还有，帮助其他家庭成员，尤其是兄弟姊妹，去认识及帮助自闭症儿童。
在整个成长过程中，家庭都需要不断学习和适应。当他们长大，离开学校的时候，更需要帮助。帮助青少年及成年的自闭症人士，是急需发展的社会工作，例如：提供离校的职业训练、庇护工场、宿舍等。有些高能力的自闭症人士可以独自工作，但他们在人际关系方面仍然会有很多困难，例如不明白别人的情绪、要求等。当他们进入青春期时亦需要性方面的辅导。
5、在治疗方面，还有几点值得提出讨论：
均衡的饮食——自闭症儿童很容易养成偏食的习惯。因此在诊断后，即须帮助他们养成良好的饮食习惯。
牙齿保健——需要定期的牙科检查。一个懂得自闭症儿童心理的牙科医生和护理人员十分重要。家长亦可帮助儿童习惯作牙科保健。
家长互助会——家长互助会帮助家长互相支持，与及争取社会人士的了解和支持。