传统的治疗法是精神药物和营养治疗，对于自闭症患者来说，自闭症是生理因素使然，药物治疗便成为自闭症儿童处遇的优先考虑。：自闭症这个族群比其他障碍儿童比较普遍使用药物治疗(精神病用药及抗癫痫药物)。
1、精神病药物
Haloperidol (Haldol)曾经用来消除攻击、过动及同一性的行为，同时可以增加注意力，其副作用是患者会有脸部、下巴、下颚及上肢，会有不自主的抽动，但一旦停药，则副作用自然消失。
抗忧郁症药物曾用来消除自闭儿的强迫症及固着行为;锂盐是躁郁症的治疗药物，也用来治疗出现周期躁郁症及攻击行为的自闭儿;心理刺激物(如利他宁或安非他命)有时用来减少过动。
2、生化治疗
① Fenfluramine 用来降低自闭儿过高的血清素，血清素是神经的传递物质。此药物的疗效仍然未经证实。有研究发现：fenfluramine治疗引起无数问题而必须终止药物治疗，特别是对药物的容受性、食欲及体重问题。
② 肠促胰激素(secretin)是一种神经传导物质，可以有效改善自闭儿的语文、说话、眼神接触、睡眠、注意力、稳定情绪、减少自伤行为及过动行为。 Finkelstein(1999)文中指出：在1996年有一篇报导一个自闭儿在使用 Secretin之后，开始说话及眼神接触，燃起父母的希望。
3、B6治疗
目前的研究结果显示：B6的效益是眼神接触较好，较少自我刺激的行为，对旁边的事物较有兴趣，较少发脾气，更多语言。单独服用巨量 B6会引起四肢麻痺，加上镁一起服用，便可预防。
4、叶酸
叶酸是维他命 B 中的一个重要成员。在身体内参加细胞中DNA(脱氧核糖核酸)RNA(核糖核酸)的合成。自闭儿服用叶酸的结果：46﹪有显著的效果，它可帮助语言、情绪安定(抗忧郁及焦虑)、改善睡眠的不安。
5、DMG
DMG(Dimethylglycine)是一种健康食品，不具毒性，也没有显著的副作用，可在食品店中买到。DMG 的药效包括减少癫痫的发生，降低强迫行为及改善语言。部分儿童服用 DMG 后有过动的现象，如果此现象发生时，可服用 1600mcg 的叶酸以抵销副作用。
有关自闭儿药物治疗，有关学着提出了下列的基本原则：
1、药物治疗必须建立在正确的诊断上，有些自闭儿伴随有神经病患(如妥瑞士症)，药物的选择必须根据特定的神经病理。
2、严重行为问题或情绪障碍的患者，且对其他形式的治疗没有反应者，才考虑用药。
3、不管年龄大小及功能的等级(高、中、低功能)，自闭儿本身应参与与治疗的过程。尽量帮助他们了解用药的目的和理由。这样可避免他们对用药产生负面的态度和误解。例如有些过动儿会因为吃药而不过动，若一天不吃药就过动，因为他相信过动是生理的必须服药才能控制。
4、自闭儿的照顾者(家长或老师保育人员)应纳入治疗程序。他们可提供自闭儿功能及对药物反应的信息，供医师用药的参考，所以他们要被告知药物治疗的原因、可能的药效及副作用。
5、药物的安慰剂效果要注意，所谓安慰剂的效果是指医师父母或其他照顾者都可能因为期望而看到药物的疗效。