预防自闭症症要从妊娠期开始，因为妊娠和围产期诸多因素造成的大脑损伤与自闭症的发病密切相关。预防止自闭症的出现，进行遗传学辅导及生产过程危险因子的预防。孕前做一个遗传咨询，孕期避免感染麻疹等都市预防儿童患上自闭症的方法之一。
预防该病的重点是加强围产期卫生保健，积极进行优生优育工作。妊娠期病毒感染、先兆流产、出生时窒息和剖宫产都会对幼儿产生影响，母亲妊娠期病毒感染尤其是孕期前3个月病毒感染可导致胎儿大脑发育异常而致儿童孤独症。如风疹病毒、单纯疱疹病毒、流感病毒、巨细胞病毒等均可损害患儿中枢神经而致病。所以孕妇在怀孕期间尤其是怀孕初期要注意不要感染病毒。在分娩时如遇难产时，应尽量避免婴幼儿窒息，以免造成脑损害。在婴儿早期也要注意避免高烧惊厥，多次的高烧惊厥也会造成脑损害。
婴儿应尽可能用母乳喂养，因为母乳中含有丰富的碱性矿物质，有益于孩子智力的发展。较大的儿童应少吃糖，多吃蔬菜、水果、杂粮等碱性食物。注意膳食的酸碱平衡，有益于机体内PH值的相对稳定，使各种代谢功能协调，进而使身心保持良好的健康状态。
孤独症患者往往大脑发育异常，表现为中央性萎缩，第四脑室扩大，小脑蚓部发育不良，脑干变小等。母亲妊娠期病毒感染尤其是孕期前3个月病毒感染可能会导致胎儿大脑发育异常而致儿童孤独症。如风疹病毒、单纯疱疹病毒、流感病毒、巨细胞病毒等均可损害患儿中枢神经而致病。