流感的表现与普通感冒十分相似，因此最初发生的病例不易诊断，需要根据流行病史、临床症状体征及病原学检验综合进行诊断。
1、根据临床症状诊断：患者多为突然起病，有发热、怕冷、头痛、四肢肌肉酸痛、倦怠疲乏，逐渐出现呼吸道症状有咳嗽、咽痛、眼结合膜充血、面颊潮红。但咽痛、咽部红肿和扁桃体体征不如急性扁桃体炎严重。以上均为流感临床特点。
婴幼儿凭临床表现更不易与其他上呼吸道病毒感染鉴别，应及早进行病原学诊断。
2、流行病史：当地有流感流行情报，对诊断最有帮助，在流感流行季节，周围人群中有同样病症就应提高警惕疑及本病。
3、病原学诊断
(1)病毒分离：采取急性期鼻咽腔洗液、咽部含漱液或取咽拭子置保存液中送检，最好立即接种于鸡胚羊膜腔或尿囊，或接种于敏感的人胚肾等细胞培养中，分离流感病毒，必要时接种于实验动物中分离病毒。采取标本最好在起病3～5天之内，过晚发离阳性率降低。
(2)血凝及血凝抑制试验：流感病毒具有凝集豚鼠红细胞(或鸡及人“O”型红细胞)的能力，将病儿早期鼻咽腔洗液(用生理盐水洗)与豚鼠红细胞相混，出现凝集即为阳性，仅表示有病毒存在，此反应敏感性较差。如预先加入特异性抗流感病毒血清进行血凝抑制试验，阳性表示标本中含流感病毒，并可应用此法进一步作分型鉴定。
(3)荧光抗本染色检查鼻粘膜细胞：用鼻咽拭子在鼻腔中旋转几次，使拭子上沾有粘膜脱落细胞，涂于玻片上，干燥后用荧光抗体(抗流感病毒特异血清)染色，在荧光显微镜下见多处带苹果绿色荧光的细胞者为阳性，注意鉴别非特异性荧光点，阳性者有肯定意义，阴性者不能完全除外。此法快速简便。
(4)周围白细胞计数大多偏低或正常，中性粒细胞降低明显，则临床上可疑为流感。