自闭症是生理因素造成的障碍。既然自闭症是生理因素使然，药物治疗便成为自闭症儿童处遇的优先考虑。除药物治疗外，还应该辅助行为训练、以及特殊教育，引导自闭症患儿能够生活自理。
特教界的一句名言“医学的终止，教育的开始”应用于自闭儿教育是十分正确的。自闭儿的父母应咨询医师考虑药物治疗的可能性或必要性。调查研究发现：自闭症这个族群比其他障碍儿童比较普遍使用药物治疗（精神病用药及抗癫痫药物）。
现在自闭症的治疗有四种主要方向：
1、医学上的治疗：
① 预防性治撩：防止自闭症的出现，包括遗传学上的辅导。
② 补救性治疗：及早诊断，针对生理因素而加以治疗。暂时这两种方法都未有突破性进展。
③ 征状性治疗：药物治疗可以减轻征状，例如过份活跃、不集中、情绪不稳定、暴力倾向、睡眠困难等。
2、行为心理治疗及特殊教育：
主要的治疗集中在这个方向，而事实上亦对自闭症儿童及家庭有很大的帮助。该方式基本原则有：
① 一个一致的治疗计划。
② 尽量令自闭症儿童能明白对他的要求，令他对环境产生兴趣，觉得参予有意义。
因此不能让他独自消磨下去。要制造一个稳定、一致的治疗结构，与及要主动的帮助他们参予。
A、教他的东西要适合他的能力。
B、尽量帮助家长去学习在家里用同样的方法教导他。
③ 教他学习正常行为去代替异常行为。
④ 尽量用鼓励的方法：
C、开始时可能需要物质奖励，去帮助他参予。
D、最重要是令他参予后得到成功感。成功的经验会令他的情绪稳定，及有更大的动机去参予。
E、要从多方面去评估他的能力。他的能力是参差不齐的。根据评估结果去提供适合他能力的训练方法及学习机会。
F、重覆性行为及不愿改变的倾向需要慢慢治疗。通常是帮助他学习其他较好的行为去代替这些行为。另外，他们愈明白得多，这些行为就会愈少。
G、用行为心理治疗方法去应付一些困难行为，例如发脾气、不愿吃饭等。
H、尽量令儿童和家长有愉快的生活经验。
3、言语治疗：
言语治疗师的协助十分重要。将儿童言语的发展详细分析，然后订出适当的训练方法，将这些方法融合于儿童的日常生活之中。另外根据他的进步，将方法调整。帮助每个和儿童经常接触的人去学习这些治疗办法。
4、社会工作治疗：
自闭症儿童对家庭造成很大的压力。首先要帮助家长认识儿童的基本病理，发展程度及治疗方法。另外，减少家庭的压力，例如经济方面、居住方面。还有，帮助其他家庭成员，尤其是兄弟姊妹，去认识及帮助自闭症儿童。
在整个成长过程中，家庭都需要不断学习和适应。当他们长大，离开学校的时候，更需要帮助。帮助青少年及成年的自闭症人士，是急需发展的社会工作，例如：提供离校的职业训练、庇护工场、宿舍等。有些高能力的自闭症人士可以独自工作，但他们在人际关系方面仍然会有很多困难，例如不明白别人的情绪、要求等。当他们进入青春期时亦需要性方面的辅导。
5、在治疗方面，还有几点值得提出讨论：
均衡的饮食——自闭症儿童很容易养成偏食的习惯。因此在诊断后，即须帮助他们养成良好的饮食习惯。
牙齿保健——需要定期的牙科检查。一个懂得自闭症儿童心理的牙科医生和护理人员十分重要。家长亦可帮助儿童习惯作牙科保健。
家长互助会——家长互助会帮助家长互相支持，与及争取社会人士的了解和支持。
自闭症治疗原则：
1、早发现，早治疗。治疗年龄越早，改善程度越明显；
2、促进家庭参与，让父母也成为治疗的合作者或参与者。患儿本人、儿童保健医生、患儿父母及老师、心理医生和社会应共同参与治疗过程，形成综合治疗团队；
3、坚持以非药物治疗为主，药物治疗为辅，两者相互促进的综合化治疗培训方案；
4、治疗方案应个体化、结构化和系统化。根据患儿病情因人而异地进行治疗，并依据治疗反应随时调整治疗方案；
5、治疗、训练的同时要注意患儿的躯体健康，预防其他疾病；⑥坚持治疗，持之以恒。
关于孤独症治疗的几点共识：
1、孤独症没有特效药物治疗。早期诊断早期干预可以改善孤独症的预后，因此孤独症治疗一般认为是年龄越小、效果越好，但是到目前为止并没有一个年龄的截止点，事实上也存在着部分患者在较大年龄获得改善。
2、世界各国尤其是发达国家建立了许多的孤独症特殊教育和训练课程体系，前述几个主要的训练方法各有优缺点，尚无证据表明哪一种疗法显著优于另外一种。目前各种方法有互相融合的趋势。
3、由于孤独症缺乏特效治疗，目前尚存在数以百种的另类疗法(alternative therapy)，这些疗法缺乏循证医学证据，使用需慎重。少部分未经特别训练和治疗的孤独症儿童有自我改善的可能，部分疗法声称的疗效可能与此有关。
自闭症的治疗方法
该病病因复杂，现在医学界并没有治愈方法。到目前为止的研究进展表明，即使自闭症患者到了成人，恢复得比较好的还是不可避免存在自闭倾向，比如他们与人接触的方式不适当，不能顺利使用语言与别人交流。
一般推估大约每10，000人中有2—5位为自闭症患者，因诊断标准的不同自闭症的出现率有许多差异，后来因诊断基准的改变及人民知识的提升，目前以精神疾病诊断与统计手册第四版(DSM-Ⅳ)诊断标准筛检，约是每10，000人中有4—5位为自闭症患者。且在性别方面男性多于女性，男性与女性的比例约4：1，但女性患者的症状比男性严重。
有关专家认为治疗好的自闭症患儿在语言表现、微笑、爱情表现、幽默感、学习新事物的能力等各方面，与正常人还是存在差异性。即所谓恢复正常只不过是一种症状的缓解和改善。
自闭症是一个终身性的疾病。只有早发现早干预，还要走对路才可能达到更好的治疗效果，让自闭症儿童能独立生活。自闭症的治疗没有捷径，只有父母和孩子在医生的指导下努力地做康复治疗才是正确的路。
传统的治疗法是精神药物和营养治疗，对于自闭症患者来说，自闭症是生理因素使然，药物治疗便成为自闭症儿童处遇的优先考虑。：自闭症这个族群比其他障碍儿童比较普遍使用药物治疗(精神病用药及抗癫痫药物)。
1、精神病药物
Haloperidol (Haldol)曾经用来消除攻击、过动及同一性的行为，同时可以增加注意力，其副作用是患者会有脸部、下巴、下颚及上肢，会有不自主的抽动，但一旦停药，则副作用自然消失。
抗忧郁症药物曾用来消除自闭儿的强迫症及固着行为;锂盐是躁郁症的治疗药物，也用来治疗出现周期躁郁症及攻击行为的自闭儿;心理刺激物(如利他宁或安非他命)有时用来减少过动。
2、生化治疗
① Fenfluramine 用来降低自闭儿过高的血清素，血清素是神经的传递物质。此药物的疗效仍然未经证实。有研究发现：fenfluramine治疗引起无数问题而必须终止药物治疗，特别是对药物的容受性、食欲及体重问题。
② 肠促胰激素(secretin)是一种神经传导物质，可以有效改善自闭儿的语文、说话、眼神接触、睡眠、注意力、稳定情绪、减少自伤行为及过动行为。 Finkelstein(1999)文中指出：在1996年有一篇报导一个自闭儿在使用 Secretin之后，开始说话及眼神接触，燃起父母的希望。
3、B6治疗
目前的研究结果显示：B6的效益是眼神接触较好，较少自我刺激的行为，对旁边的事物较有兴趣，较少发脾气，更多语言。单独服用巨量 B6会引起四肢麻痺，加上镁一起服用，便可预防。
4、叶酸
叶酸是维他命 B 中的一个重要成员。在身体内参加细胞中DNA(脱氧核糖核酸)RNA(核糖核酸)的合成。自闭儿服用叶酸的结果：46﹪有显著的效果，它可帮助语言、情绪安定(抗忧郁及焦虑)、改善睡眠的不安。
5、DMG
DMG(Dimethylglycine)是一种健康食品，不具毒性，也没有显著的副作用，可在食品店中买到。DMG 的药效包括减少癫痫的发生，降低强迫行为及改善语言。部分儿童服用 DMG 后有过动的现象，如果此现象发生时，可服用 1600mcg 的叶酸以抵销副作用。
有关自闭儿药物治疗，有关学着提出了下列的基本原则：
1、药物治疗必须建立在正确的诊断上，有些自闭儿伴随有神经病患(如妥瑞士症)，药物的选择必须根据特定的神经病理。
2、严重行为问题或情绪障碍的患者，且对其他形式的治疗没有反应者，才考虑用药。
3、不管年龄大小及功能的等级(高、中、低功能)，自闭儿本身应参与与治疗的过程。尽量帮助他们了解用药的目的和理由。这样可避免他们对用药产生负面的态度和误解。例如有些过动儿会因为吃药而不过动，若一天不吃药就过动，因为他相信过动是生理的必须服药才能控制。
4、自闭儿的照顾者(家长或老师保育人员)应纳入治疗程序。他们可提供自闭儿功能及对药物反应的信息，供医师用药的参考，所以他们要被告知药物治疗的原因、可能的药效及副作用。
5、药物的安慰剂效果要注意，所谓安慰剂的效果是指医师父母或其他照顾者都可能因为期望而看到药物的疗效。